سنگ‌های بکار رفته در مجموعه‌ی میراث جهانی پاسارگاد در ظاهر به لحاظ بافت و رنگ متفاوت هستند و از نقطه نظر ظاهری شامل سه نوع سنگ متفاوت می‌شوند. به همین دلیل، ممکن است دارای رفتارهای متفاوت فیزیکی و شیمیایی نیز باشند. تخریب‌های سطحی صورت گرفته در این سنگ‌ها با وجود شرایط یکسان محیطی، شکل‌های متفاوتی دارند. هدف از این پژوهش تشخیص ماهیت شیمیایی سنگ‌های این محوطه از طریق آنالیزهای دستگاهی XRD و XRF و شناسایی تخریب‌های سطحی و نمک‌های احتمالی سطحی از طریق مشاهدات ریز ساختاری توسط میکروسکوپ دیجیتال و آنالیز دستگاهی SEM-EDS است. نتایج حاکی از آن هستند که سنگ‌های بکاررفته در مجموعه از نظر شیمیایی همگی نوعی سنگ آهک هستند که دو گونه‌ی آن خلوص بالاتر و ساختار فشرده‌تری دارند، اما یک گونه از سنگ‌های مجموعه که معروف به «سنگ کبود» است، ساختار ماسه‌ای و نسبتاً متخلخلی دارد. در آنالیز‌ دستگاهی XRD  فاز اصلی تمامی سنگ‌ها کلسیت (CaCO₃) است که علاوه بر آن مقدار جزئی فاز کوارتز (SiO₂) نیز گزارش شده است. در برخی از نمونه‌های سنگ کرم رنگ از بلوک‌های متفاوت، فاز دولومیت (Ca,Mg(CO₃)₂) نیز شناسایی شد. با وجود احتمال حضور نمک به عنوان عاملی برای تخریب، در نتایج آنالیزها هیچگونه نمکی مشاهده نشد که احتمال می‌رود یا بطور کلی عامل تخریبی نمک در اینگونه سنگ‌ها وجود نداشته و یا مقدار آن‌ها آنقدر ناچیز بوده که قابل شناسایی در آنالیزXRD نبودند. بر طبق تصاویر ماکروسکوپی و ریز ساختاری می‌توان اذعان داشت که عمده تخریب‌های صورت گرفته در سنگ‌های سیاه و کبود به علل ضعف ماهیتی خود سنگ بوده که از جمله‌ی آن رگه‌های کلسیت ثانویه و ذرات متشکله متفاوت هستند و مهمترین علت تخریبی سنگ کرم نیز فرسودگی زیستی شناسایی شد. با این وجود در مورد پاتین موجود بر بلوک‌های نقش انسان بالدار و دیواره تل تخت می‌توان اظهار داشت که با وجود اینکه گلسنگ در سطحِ اثر فرسایش ایجاد کرده، اما اگر بتوان شکل‌گیری پاتین را به گلسنگ نسبت داد؛ گلسنگ بطور متقابل با تشکیل لایه‌ی پاتین، مانند یک پوشش بر سطح بستر توانسته از تاثیر عوامل دیگر جوی بر سطح سنگ جلوگیری کند. بطور کلی نتایج حاصله از مشاهدات و آزمایشات ثابت کردند که مهم‌ترین عامل‌های محیطی مخرب در محوطه میراث جهانی پاسارگاد میکروارگانیزم‌ها و اثرات جانبی آب بواسطه انحلال فاز کربناتی و نیز تورم رسی هستند.